Изначально вероятность отцовства принимается равной 0.5 (равновероятна по сравнению с любым другим мужчиной). Правомерно ли это, если андрологии утверждают, что эта вероятность равна нулю?

Не видим ничего необычного в Вашей ситуации. Ни одного обоснованного сомнения выми не высказано. Если Вы обращаетесь за экспертизой, то естественно должны доверять профессионализму экспертов и их порядочности. А эксперты на то и эксперты, чтобы в них не возникало возможности усомниться.
По существу ваших вопросов. Нормативных актов по выбору локусов не существует (в России), априори вероятность отцовства - 0.5 и это признано всем мировым сообществом. И вступать в споры по этому вопросу, тем более на сайте, просто не разумно. Уровень доказательности экспертного заключения
(приказ МЗ РФ №161 от 24.04.2003) при неисключении родства для одного из родителей и бесспорного родства другого родителя - не ниже 99,90%. Так что ваш случай попадает в норматив. А чтобы снять все ваши сомнения надо просто сделать анализ с большим числом локусов, таким , что будет показано, что на Земле есть один человек с набором генетических признаков, который может быть отцом данного ребенка. Число локусов должно быть около 30. Мы можем это сделать. Стоить будет 12600 умножить на три.