При повторной сдаче анализов по 3-4 аллеям данные не совпали, на что был получен ответ, якобы такое бывает когда анализ делают на оборудовании автоматически и когда делают его вручную?

Для выполнения такого теста, конечно, необходима лицензия. По специальности судебно-медицинская генетическая экспертиза, если он проводится по определению суда, и по специальности лабораторная генетика - если тест проводится по частной инициативе.
То, что результаты не совпали, говорит о ненадлежащем исполнении анализа как минимум в одной из лабораторий. В США, например, лаборатории два раза в год проходят аттестацию. Если у лаборатории не совпали с контрольными 2 аллеля и более - ее сертификат отзывается.