Подскажите должны ли аллели во всех иследуемых локусах повторятся в обоих анализах и насколько эти 2 анализа должны быть идэнтичны?

Для анализов, выполненных в разных лабораториях, аллели одних и тех же локусов у каждого участника анализа должны совпадать. Сами локусы в разных лабораториях могут использоваться разные или перекрываться частично или полностью.