Мы сделали анализ на ген.совместимость.Заключение-супруги имеют общие группы аллей во всех трех локусах.Скажите,это значит что мы с мужем не можем иметь общих детей?Или нам не нужно иметь общих детей так как велика вероятность рождения больного ребенка?

Это значит. что скорее всего причина бесплодия вашего брака - как раз в этих совпадениях. Рождение больного ребенка здесь ни при чем.