Где-нибудь есть методы расчета вероятности случайного совпадения генетических признаков именно в случае исследования гаплотипов?

Анализ в этой ситуации можно провести как по Y хромосоме, так и по аутосомным маркерам (маркерам неполовых хромосом).
По аутосомным маркерам анализ точнее и однозначнее, ответ будет именно о родстве сводных братьев или брата и сестры. Вопрос выносимый на исследование: являются ли такой-то и такой-то сводными братьями по отцу (или братом и сестрой)? Но приблизительно в 10% случаев этот анализ не дает ответа ( ни да, ни нет). Он дороже анализа по Y хромосоме, но все равно лучше, особенно если доступны обе матери.
По Y хромосоме можно ответить на вопрос: являются ли данные мальчики родственниками по мужской линии? И все. То есть если их отцы - братья, будет установлено родство, такое же как и в случае, если их отец - один человек. Этим этот анализ и хуже. Если у предполагаемого отца есть брат, или нестарый отец, делать этот анализ не стоит.